Tiền thân là trường tiểu học số 1 Hoa Lư, tháng 5 năm 1999, trường chính thức được đổi tên thành Trường Tiểu Học Nguyễn Văn Trỗi. Nhà trường được Bộ Giáo dục - Đào tạo công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1 từ năm 2003, Uỷ ban nhân dân tỉnh Gia Lai công nhận lại năm 2009, tháng 4 năm 2018, trường tiếp tục được Uỷ ban nhân dân tỉnh Gia Lai công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia mức độ 2 từ năm học 2017-2018. Bên cạnh đó, trường còn được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng III năm học 2008-2009 và đạt kiểm định mức chất lượng mức độ 3 vào năm 2010.
Với phương châm giáo dục quan tâm giáo dục toàn diện, nhà trường kết hợp giáo dục kiến thức chuẩn với coi trọng giáo dục đạo đức, rèn luyện kĩ năng thực hành, kĩ năng sống, tổ chức các hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp, ngoại khóa và bồi dưỡng học sinh có năng khiếu. Trường Tiểu Học Nguyễn Văn Trỗi cũng rất quan tâm đến vấn đề tâm lý học đường thông qua việc phối hợp với các trung tâm tư vấn tâm lý giáo dục giúp các em học sinh có tâm thế học tập thân thiện, tự tin, thoải mái và hiệu quả.
