Trường được xây dựng với cơ sở vật chất đáp ứng nhu cầu học tập và sinh hoạt của học sinh tiểu học. Khuôn viên trường rộng rãi, bao gồm các phòng học được trang bị đầy đủ bàn ghế, bảng viết và các thiết bị hỗ trợ giảng dạy. Ngoài ra, trường còn có các phòng chức năng như phòng tin học, phòng âm nhạc, phòng mỹ thuật, thư viện với nhiều đầu sách phong phú, tạo điều kiện cho học sinh phát triển toàn diện về cả tri thức và kỹ năng.
Trường Tiểu học Nguyễn Trãi - Quận 12 thực hiện chương trình giáo dục theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo Việt Nam. Chương trình học bao gồm các môn học cơ bản như Toán, Tiếng Việt, Khoa học, Lịch sử, Địa lý, Đạo đức, Âm nhạc, Mỹ thuật và Thể dục. Ngoài ra, trường còn chú trọng đến việc giảng dạy ngoại ngữ, đặc biệt là tiếng Anh, nhằm trang bị cho học sinh kỹ năng ngôn ngữ cần thiết trong thời kỳ hội nhập. Bên cạnh chương trình học chính khóa, trường thường xuyên tổ chức các hoạt động ngoại khóa, câu lạc bộ năng khiếu để phát triển kỹ năng mềm và năng lực cá nhân của học sinh.