Trường Tiểu Học Nguyễn Du - Thường Tín triển khai phương thức dạy và học như sau:
- Thực hiện phương pháp giáo dục và dạy học tiên tiến với sự hỗ trợ tối ưu của trang thiết bị hiện đại.
- Tích cực đổi mới phương pháp giảng dạy và đào tạo phù hợp với mô hình đào tạo chất lượng cao
- Bố trí sắp xếp thời khóa biểu hợp lý đảm bảo thời lượng cho các buổi học, tiết học tự chọn, nâng cao, ngoại khoá chuyên đề
- Tổ chức học bán trú hai buổi với chương trình tăng cường nâng cao, với sự quản lý kỉ luật nghiêm túc, nề nếp, quy củ.
- Tổ chức học theo phòng học bộ môn, học trên mạng; mở rộng các hình thức dạy và học đối với các trường trong và ngoài nước.
Với tiêu chí giảng dạy truyền thống kết hợp hiện đại, chương trình giáo dục của trường không chỉ nằm trong chương trình chuẩn của Bộ giáo dục mà còn có chương trình học tăng cường tiếng Anh cho các em học sinh. Bên cạnh đó, trường sở hữu đội ngũ những cô giáo trẻ, được đào tạo chuyên môn về Sư phạm, nhiều nhiệt huyết và lòng yêu nghề. Trường Tiểu Học Nguyễn Du - Thường Tín mong muốn trường sẽ thành mái nhà thứ hai của các em học sinh thân yêu, mỗi ngày đến trường là một ngày vui, không gâu ra áp lực đối với các em.