Sau khi được thành lập vào năm 2003, Đại học Phú Xuân đã trải qua một quá trình phát triển đáng kể. Năm 2018, trường đã có một bước chuyển mình quan trọng dưới sự đầu tư của Tổ chức Giáo dục EQuest. Đây là một sự thay đổi quan trọng trong quy mô và loại hình hoạt động của trường.
Ngày 23 tháng 12 năm 2018, Đại học Phú Xuân đã chuyển đổi từ trường dân lập sang trường tư thục theo Quyết định số 1812/Đ-Ttg do Thủ tướng Chính phủ ký. Điều này cho thấy trường đã tiến bước mới trong quá trình phát triển và quản lý.
Mục tiêu phát triển của trường là đa ngành, đa lĩnh vực để phát triển năng lực thực hành của sinh viên. Trường đặt mục tiêu kết nối giữa nghiên cứu khoa học và công nghệ thực tế với thực tiễn sản xuất trong các doanh nghiệp. Điều này giúp trường đóng góp tích cực vào việc phục vụ cộng đồng và xã hội.
Bên cạnh đó, trường cũng đề ra mục tiêu trở thành trường đại học mới có mô hình kết nối doanh nghiệp - Phú Xuân Technopolis. Mục tiêu này nhằm tạo cơ hội hợp tác cùng các doanh nghiệp và tổ chức trong việc phát triển các ngành nghề phù hợp với nhu cầu kinh tế và xã hội hiện nay.
Đại học Phú Xuân đã trải qua sự phát triển đáng kể kể từ khi được thành lập vào năm 2003. Sự chuyển đổi từ trường dân lập sang trường tư thục và mục tiêu phát triển đa ngành, đa lĩnh vực cùng với kết nối doanh nghiệp và gắn kết với thực tiễn sản xuất là những nét nổi bật trong quá trình phát triển của trường.