Trường Đại học Phan Châu Trinh (PCTU) được thành lập vào ngày 6 tháng 8 năm 2007 theo Quyết định 989/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Ban đầu, trường có cơ sở tại trung tâm thành phố Hội An, Quảng Nam.
Mục tiêu phát triển của PCTU là xây dựng một ngôi trường đại học chất lượng cao và uy tín. Trong đó, ngành đào tạo Y khoa được coi là trọng tâm, đã đạt được những tiêu chuẩn chất lượng của Bộ Giáo dục và Đào tạo cũng như Quốc tế. Trường hướng đến việc nâng cao khả năng thực hành, thí nghiệm trong các chương trình đào tạo, kết hợp với việc áp dụng các kỹ thuật công nghệ mới trong quá trình học tập và làm việc.
PCTU đặt mục tiêu gắn kết chặt chẽ đào tạo với thực tiễn và nghiên cứu, nhằm đáp ứng nhu cầu của xã hội và công nghiệp. Bằng việc áp dụng các kỹ thuật và công nghệ mới, trường mong muốn đào tạo ra những người học có khả năng ứng dụng linh hoạt và đóng góp tích cực trong công việc sau này.