Ngoài môi trường thân thiện, trong nhiều năm học qua, Trường Tiểu Học Yên Ninh còn được biết đến bởi chất lượng dạy học ngày một được nâng lên, tỷ lệ giáo viên dạy giỏi, học sinh xuất sắc, chăm ngoan có nhiều khởi sắc.
Để nâng cao chất lượng giáo dục, ngoài việc thực hiện theo phương pháp giáo dục của Phòng Giáo dục và Đào tạo TP. Yên Bái và Sở Giáo dục và Đào tạo, Ban Giám hiệu Trường Tiểu Học Yên Ninh đặc biệt quan tâm và chỉ đạo giáo viên tích cực thực hiện đổi mới phương pháp dạy học. Các thầy, cô giáo đã áp dụng phương pháp “bàn tay nặn bột” trong dạy học môn tự nhiên xã hội, khoa học; thực hiện giảng dạy môn mỹ thuật theo phương pháp Đan Mạch; dạy học theo hướng trải nghiệm sáng tạo ở một số môn học, đồng thời vận dụng các kỹ thuật dạy học tích cực như kỹ thuật khăn trải bàn, các mảnh ghép,... bảo đảm mục tiêu, nội dung giáo dục, phù hợp đối tượng học sinh, điều kiện nhà trường.
Từ chi bộ, cán bộ quản lý đến các tổ chuyên môn, từng bộ phận trong nhà trường đều có kế hoạch và biện pháp tổ chức thực hiện cụ thể từng hoạt động giáo dục tới giáo viên, học sinh và đặc biệt chú ý tới việc nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện cho học sinh, góp phần thực hiện mục tiêu ngành giao.
Các tổ chuyên môn phối hợp với các tổ chức trong nhà trường thường xuyên sinh hoạt, xây dựng các hoạt động nhằm giáo dục kỹ năng sống, giáo dục tích hợp cho học sinh. Các hoạt động ngoài giờ lên lớp, hoạt động thể dục, thể thao, trò chơi dân gian, hát dân ca, giao lưu vui để học, sinh hoạt các nhóm, câu lạc bộ năng khiếu ở các môn học khác nhau,... vừa giúp học sinh tự tin, tích cực, chủ động, sáng tạo trong học tập, được thể hiện mình, được giao lưu bạn bè.
Với sự cố gắng phấn đấu của thầy và trò, Trường Tiểu Học Yên Ninh đã và đang trở thành mái nhà thứ hai đối với tập thể cán bộ, giáo viên và các em học sinh.
