Ngày 17/7/1993, thực hiện Quyết định số 95/QĐ-GD của giám đốc Sở giáo dục - Đào tạo Hoàng Nga Tiến, trường Phổ thông cơ sở Bạch Hạc được tách thành trường Trung học cơ sở và trường tiểu học Bạch Hạc.
Bước vào năm học đầu tiên khi tái lập, Trường Tiểu Học Bạch Hạc - Trần Nhật Duật gặp rất nhiều khó khăn. Khó khăn lớn nhất của trường là cơ sở vật chất trường học. Trong điều kiện hết sức khó khăn, ban giám hiệu trường tiểu học Bạch Hạc quyết tâm cao, cùng với sự cố gắng, nỗ lực của thầy và trò, đặc biệt là hội cha mẹ học sinh giúp đỡ, năm học đầu tiên sau khi tái lập, tỷ lệ học sinh lên lớp đạt 97%, nhà trường đạt tiên tiến.
Để giảm dần sự cách biệt về chất lượng giáo dục giữa các trường vùng ven với các trường trung tâm thành phố, ban giám hiệu nhà trường đã tích cực phấn đấu thực hiện chỉ tiêu chất lượng giáo dục là mũi nhọn. Công tác bồi dưỡng giáo viên giỏi, học sinh giỏi được chú trọng. Hàng năm, có giáo viên giỏi, học sinh giỏi cấp thành phố.
