Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch có một lịch sử phát triển từ Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế Thành phố vào năm 1989. Sau đó, trung tâm đã sáp nhập cơ sở 520 Nguyễn Tri Phương và bắt đầu giảng dạy niên khóa đầu tiên vào tháng 9/1989. Trong quá trình phát triển và hoạt động, trung tâm đã nhận được sự chuyển giao từ Học viện Quân Y và nhận được sự ủng hộ và quyết định đổi tên thành Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch vào ngày 7/1/2008.
Mục tiêu phát triển của trường là phấn đấu xây dựng trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch trở thành trường đại học hàng đầu đào tạo lĩnh vực sức khỏe của cả nước. Trường hướng tới việc trở thành một địa chỉ đáng tin cậy và hấp dẫn cho việc đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao và nghiên cứu khoa học để đáp ứng được nhu cầu nâng cao sức khỏe của nhân dân. Trong việc xây dựng và phát triển, trường luôn cam kết đảm bảo chất lượng giáo dục và cống hiến cho sự phát triển bền vững của ngành y tế cũng như cộng đồng xã hội.