Năm 1957, trường Cán sự Y tế và Nữ hộ sinh Quốc gia được thành lập chính là tiền thân của Đại học Y Dược – Huế . 4 năm sau khi thành lập, trường đã đổi tên thành Đại học Y khoa – Huế. Đến năm 1979, trường và Bệnh viện trương ương tp Huế sáp nhập thành Học viện Y Huế ngày nay. Sau lần thay đổi quy mô cuối cùng được diễn ra vào 4/1994 này thì trường chính thức trở thành một thành viên đắc của Đại học Huế và duy trì mãi đến tận ngày nay.
Từ trước đến nay, cái tên Đại học Y Dược – Huế đã luôn được phụ huynh và các bạn học sinh trên miền trung, Tây Nguyên nước ta tin tưởng lựa chọn khi theo đuổi con đường học tập ngành Y – Dược. Với nhiều cố gắng nỗ lực trong việc hoàn thiện cơ sở vật chất, thiết bị, nâng cao chất lượng đào tạo, Nhà trường đã duy trì được vị trí cao trong ngành lĩnh vực y tế. Trong suốt hành trình dài 60 năm qua. Trường Đại học Y Dược – Huế với tỷ lệ cạnh tranh đầu vào khá gắt và cao sẽ là điểm dừng chân lý tưởng, là nơi bồi dưỡng nguồn tri thức và y đức cho các bác sĩ , dược sĩ xuất chúng trong tương lai gần, sẽ là công lao to lớn góp phần đưa vị thế ngành Y tế nước ta sánh vai với các quốc gia tiên tiến khác.
Hiện nay, trường hoạt động với mục tiêu đào tạo ra nguồn nhân lực chất lượng cao có chuyên môn trong ngành Y – Dược, y tế nói chung ở các bậc học sau đại học; có khả năng nghiên cứu khoa học y tế; tham gia cống hiến sức trẻ vào sự nghiệp chăm sóc, bồi dưỡng người dân, bảo vệ sức khỏe của người dân ở khu vực miền Trung – Tây Nguyên cũng như trong cả nước. Đại học Y Dược – Huế đặt mục tiêu đó là năm 2030 sẽ trở thành trường đạt chuẩn quốc gia và 2045 sẽ hướng tới đạt chuẩn quốc tế.
