Trường Đại học Y Dược Cần Thơ có một quá trình phát triển dài và đáng kể. Bắt đầu từ cơ sở Khoa Y – Nha – Dược thuộc trường Đại học Cần Thơ hình thành vào tháng 7/1979. Sau đó, ngày 25/12/2002, Khoa Y – Nha – Dược đã được tách ra để thành lập Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, trực thuộc Bộ Y tế.
Năm 2017, trường đã được Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho thực hiện đề án tự chủ đại học, trở thành cơ sở giáo dục đại học khoa học sức khỏe đầu tiên ở Việt Nam thực hiện quy chế tự chủ. Điều này đánh dấu bước tiến quan trọng trong quá trình phát triển và nâng cao đẳng cấp của trường Đại học Y Dược Cần Thơ.
Mục tiêu phát triển của trường đặt ra là phấn đấu đến năm 2025 trở thành một trong 5 trường đại học khoa học sức khỏe hàng đầu Việt Nam và xếp hạng trong 500 trường đại học hàng đầu Đông Nam Á. Đến năm 2030, trường cũng đặt mục tiêu có thể xếp vào 1000 trường đại học tốt nhất châu Á. Đây là những mục tiêu rất cao cấp mà trường hướng đến để đạt được chất lượng đào tạo cao và tiến tới đẳng cấp quốc tế.
