Hiện nay với trương trình đào tạo của trường đại học hàng hải Việt Nam là 47 chuyên ngành tất cả bao gồm:
Nhóm kĩ thuật và công nghệ:
Điều khiển tàu biển, khai thác tàu biển, quản lý hàng hải, điện tử viễn thông điện tự động giao thông vận tải, điện tự động công nghiệp, tự động hóa hệ thống điện, máy tàu thủy, Thiết kế tàu và công trình ngoài khơi, kĩ thuật cơ khí, kĩ thuật điện tử, kĩ thuật oto, kĩ thuật nhiệt lạnh,…
Nhóm ngoại ngữ: Tiếng Anh thương mại và Ngôn ngữ Anh
Nhóm kinh tế luật; kinh tế vận tải biển, kinh tế vận tải thủy, logictic& chuỗi cung ứng, kinh tế đối ngoại, quản trị kinh doanh, quản trị tài chính kế toán, quản trị chính ngân hàng, luật hàng hải.
Nhóm chương trình chất lượng cao: Kinh tế vận tải biển, kinh tế ngoại thương, điện tự động công nghiệp, công nghệ thông tin.
Nhóm chương trình tiên tiến: quản lí kinh doanh&marketing, kinh tế hàng hải.
Nhóm trương trình lớp chọn: Điều khiển tài biển, Khai thác máy tàu.