Chương trình học tại Luyện chữ Ngân Hà khá đa dạng, trong đó nổi bật là lớp tiền tiểu học dành cho trẻ 4–5 tuổi. Ở chương trình này, trẻ được hướng dẫn tư thế ngồi học, cách cầm bút đúng, nhận biết và viết chữ đơn, chữ ghép, luyện đọc từ – câu, đồng thời làm quen với toán trong phạm vi 10 và 20 thông qua các nội dung như nhận biết số, so sánh, cộng trừ, tách gộp. Trung tâm định hướng giúp trẻ làm quen dần với môi trường lớp 1 nhưng không học trước sách giáo khoa một cách máy móc, nhằm giữ cho trẻ tâm thế tự tin và hứng thú khi vào tiểu học.
Ngoài tiền tiểu học, trung tâm có lớp luyện chữ đẹp cho học sinh với các nội dung như rèn chữ đứng chuẩn, chữ nghiêng, chữ hoa, chữ sáng tạo, trình bày vở sạch đẹp và vẽ trang trí bài viết cơ bản. Với học sinh tiểu học, trung tâm có lớp kèm Toán từ lớp 1 đến lớp 5, hỗ trợ củng cố kiến thức theo năng lực của từng trẻ, ôn tập thường xuyên và chuẩn bị cho các bài kiểm tra giữa kỳ, cuối kỳ.
Phương pháp dạy học tại Luyện chữ Ngân Hà thiên về cá nhân hóa và theo sát từng học sinh. Trẻ được kiểm tra năng lực ngay từ buổi đầu để giáo viên nắm được điểm mạnh, điểm yếu và lựa chọn cách kèm phù hợp. Với các lớp Toán, Tiếng Việt và Anh văn, trung tâm có kiểm tra định kỳ hằng tháng nhằm theo dõi sự tiến bộ của học sinh. Với lớp luyện chữ, giáo viên chú trọng sửa từng nét chữ, từng tư thế và cách trình bày vở. Cách tiếp cận này phù hợp với những trẻ cần sự uốn nắn kỹ, cần rèn thói quen học tập hoặc cần thêm sự tự tin trước khi bước vào cấp tiểu học.