Chương trình học của Nhà Trẻ Việt Nhí - Phan Đình Phùng được thành lập dựa trên khung chương trình của Bộ Giáo dục – Đào tạo kết hợp với chương trình giáo dục trải nghiệm lấy trẻ làm trung tâm, tôn trọng sự khác biệt cá nhân, chú trọng phát triển từng cá nhân trẻ.