Trường Đại học Phú Yên được thành lập vào ngày 24/1/2007 thông qua việc hợp nhất Trường Cao đẳng Sư phạm và Trường Trung học Kinh tế - Kỹ thuật Phú Yên. Tuy nhiên, nguồn gốc của trường có thể được truy nguyên từ các trường tiền thân.
Trường Cao đẳng Sư phạm Phú Yên có lịch sử bắt đầu từ Trường Sư phạm đồng bằng (1970), sau đó là Trung cấp Sư phạm Phú Yên (1975), Trung học Sư phạm Phú Khánh (1976), Trung học Sư phạm Phú Yên và Cơ sở Cao đẳng Sư phạm Phú Yên (1989), và Sư phạm Phú Yên (1990).
Trường Trung học Kinh tế - Kỹ thuật Phú Yên có nguồn gốc từ việc xây dựng và phát triển của Trường Nông nghiệp Hòa An (1975), Trường Hợp tác hóa Nông nghiệp (1978), Trường Trung học Nông nghiệp Phú Khánh (1980), và Trường Trung học Nông nghiệp Phú Yên (1989).
Mục tiêu phát triển của Trường Đại học Phú Yên là trở thành một trường đại học đa ngành, đa cấp. Trường hướng đến xây dựng một thương hiệu uy tín và trở thành một trung tâm nghiên cứu và chuyển giao công nghệ hàng đầu trong khu vực miền Trung. Đồng thời, trường cũng cam kết đáp ứng nguồn nhân lực chất lượng cao để phục vụ cho sự phát triển của tỉnh Phú Yên và khu vực.
